Em 2019, Góes foi condenado pelo Superior Tribunal de Justiça (STJ) a seis anos e nove meses de prisão pelo crime de peculato. Na época, ele era governador do Amapá e recorreu em liberdade. 

Notícias relacionadas:STF rejeita denúncia contra presidente da Câmara, Arthur Lira.CPMI mantém deputado investigado por participar de atos golpistas.A acusação trata do suposto desvio de valores de empréstimos consignados de servidores para custear despesas do governo.

De acordo com a acusação, o suposto crime teria ocorrido entre 2009 e 2010, durante o primeiro mandato de Goés na chefia do Executivo local. Segundo o Ministério Público Federal (MPF), os valores que eram descontados dos servidores deveriam ser repassados aos bancos credores e não poderiam ser usados para financiar a máquina pública.

Após a decisão, a defesa recorreu ao Supremo para suspender a condenação.

Ao julgar o recurso, o ministro Luís Roberto Barroso, relator do caso, entendeu que Góes não tirou proveito próprio dos recursos, que foram usados em outras áreas da administração. Dessa forma, segundo o ministro, o ex-governador não cometeu crime de peculato. O voto foi seguido pelos ministros Alexandre de Moraes e Luiz Fux. 

Durante a tramitação do processo, a defesa de Waldez Góes afirmou que não houve desvio de recursos públicos, e outros acusados no processo foram absolvidos das mesmas acusações.